私立中高一貫校を選択する上で避けて通れないのが費用の問題です。追手門学院中学校の学費と費用は、初年度納付金（入学金、授業料、施設維持費等）で約110万〜130万円程度、2年目以降は年間約90万〜100万円前後が目安となります。これに加え、全員配備のICT端末代（iPad等）や教材費、学年積立金（修学旅行・研修旅行費用）が発生します。
公立中高と比較するとまとまった学費が必要になりますが、最新鋭の校舎設備、個別最適な学習支援、多彩な国際交流プログラムへの投資を考慮すると、教育コストパフォーマンスに対する保護者の納得感は高水準です。また、入試成績優秀者を対象とした特待生制度（スカラシップ）も用意されており、授業料の全額または半額免除を受けることで学費負担を大幅に軽減する道も開かれています。
