伊賀流忍者博物館の最大のハイライトとも言えるのが、江戸時代末期の忍術屋敷を移築・復元した「からくり屋敷（伊賀流忍者屋敷）」です。外観は茅葺き屋根の長閑な民家そのものですが、内部には外敵の侵入を防ぎ、万が一の際に素早く逃走するための高度なギミックが幾重にも組み込まれています。
屋敷内では、くノ一（女性忍者）や忍者姿の案内人が軽妙な語り口とともに仕掛けの実演を行ってくれます。壁が一瞬で回転して姿を消す「どんでん返し」をはじめ、床板を外すと現れる「隠し刀棚」、天井裏へと瞬時に逃げ込む「吊り階段」、外壁に同化して脱出口となる「隠し扉」など、いずれも単なる手品ではなく、極限状態での心理戦と建築構造の知恵が結実したものです。
また、地下の「忍術体験館」や「忍者伝承館」では、実際に使われていた水蜘蛛や手裏剣、暗号文書など400点以上の貴重な歴史資料を展示しています。忍者が単なる暗殺者ではなく、火薬の調合や薬草学、天文学、気象予報に精通した「情報科学のスペシャリスト」であった事実を知ることで、大人の知的好奇心を満たす深い学びが得られます。
