三色メダカのブリーディングにおける最大の壁は、どれほど高価な親魚から採卵しても、親と瓜二つの完璧な個体が生まれる確率はわずか数パーセントから10パーセント前後という固定率の低さにあります。この数値を15〜20パーセント以上に引き上げるためには、無計画な掛け合わせを排した厳密なラインブリードが不可欠です。
交配掛け合わせの鉄則は、「同一系統内での同系交配（インブリード）」をベースとしつつ、表現の異なる個体同士で長所を補完し合うことにあります。例えば、赤が強すぎる親には白地が広く抜けた個体を合わせ、墨が薄い親には幼魚期から黒斑の立ち上がりが強い個体を充てます。決して「赤斑のみの個体」や「単なる白ブチ」を安易に親にしてはなりません。
選別基準は生後2〜3ヶ月（体長2cm前後）のタイミングで最初のふるいにかけます。選別のチェックポイントは以下の3点に集約されます。
- 白地の透明感と境界の切れ：頭部から腹部にかけて黄ばみや濁りがなく、地色がすっきりと抜けていること。
- 朱赤の配置：頭部から背筋にかけて「更紗（さらさ）」のように左右非対称の小気味よいバランスで発色していること。
- 後天的な墨の予兆：体表深部に青暗い影のような「沈み墨（下墨）」が確認できること。
多くの初心者は幼魚の段階で「すでに黒いブチが派手に出ている個体」を残しがちですが、幼魚期に墨が完成している個体は成魚になると黒が広がりすぎて「黒勝ち」の濁った個体になりやすい傾向があります。成魚へと仕上がるにつれてじわじわと浮き出てくる沈み墨を持つ個体こそが、固定率の上げ方を熟知したプロが残す本命の種親候補です。
