能登川水車とカヌーランドのもう一つの大きな柱が、伊庭内湖を活用したウォータースポーツです。伊庭内湖は本湖（琵琶湖）に比べて周囲を葦原（よしはら）や堤防に囲まれているため風の影響を受けにくく、水面が極めて穏やかな水域として知られています。
ここでは春から秋にかけて東近江市カヌー体験や競技カヌーの練習拠点として広く活用されており、夏には恒例行事であるドラゴンカヌー大会が開催され、多くの参加者で熱気に包まれます。一般来訪者向けのカヌーレンタルも行われており、事前予約や現地受付を通じて伊庭内湖のパドリングを手軽に楽しむことが可能です。
自前の艇を持ち込んでエントリーする愛好家にとっても、水辺へアクセスしやすいスロープや芝生広場が整備されている点は大きな利点です。ただし、内湖の生態系保全や安全管理の観点から、利用区域やライフジャケットの着用義務などの安全ガイドラインが定められているため、ルールを遵守した利用が求められます。
