部活動の華々しさに隠れがちですが、東京高等学校の進学実績は近年、着実な伸びを見せています。国公立大学への合格者は少数にとどまるものの、私立大学への合格実績は堅調であり、特に日東駒専（日本大学・東洋大学・駒澤大学・専修大学）や大東亜帝国、東海大学、神奈川大学、東京都市大学などの中堅〜上位私立大学へ多数の生徒を送り出しています。
進路指導における最大の強みは、長い歴史によって培われた豊富な東京高校の指定校推薦枠です。大学全入時代において一般選抜の難化・複線化が進む中、同校には多方面の私立大学から推薦枠が割り振られています。主な指定校推薦枠の傾向は以下の通りです。
- 上位私立大学枠：成蹊大学、成城大学、明治学院大学、芝浦工業大学、東京都市大学など
- 中堅私立大学枠：日本大学、東洋大学、駒澤大学、専修大学、東海大学、神奈川大学、帝京大学など
- 文理・医療・体育系枠：日本体育大学、順天堂大学、東京家政大学、昭和大学など
特進系コースの生徒は一般選抜や総合型選抜でのGMARCH（明治・青山学院・立教・中央・法政）合格を狙う指導を受ける一方、進学コースの生徒は日頃の定期テストや提出物を誠実にこなすことで、評定平均値（内申点）を武器に指定校推薦枠を獲得するケースが多数を占めます。無理に一般入試の一発勝負に持ち込まず、高校生活の早い段階で進路を安定させられる仕組みが整っている点は、堅実な進学を望む家庭にとって大きな安心材料といえます。
