うつろ舟伝説において、最も不気味で示唆に富んでいるのが「美女が頑なに抱き続けていた箱の中身」です。女性は村人がどれほど親切に接しても警戒を解かず、箱を手放すことは決してありませんでした。
『兎園小説』の中で、古老の一人はこの女性の正体と箱の秘密について、背筋の凍るような推測を語っています。女性はどこか遠い異国の王族の娘であり、嫁ぎ先で他の男と密通（不倫）の罪を犯したのではないかという見立てです。本来であれば即座に処刑される重罪ですが、王家の子女であるため死罪を免じられ、代わりに「うつろ舟」に押し込められて海へ流刑に処された――。そして、彼女が胸に抱えている箱の中に入っているのは、「命を奪われた愛人の男の首級（生首）」ではないかというのです。
当時の文献には、「漂着した船は舳先に男の首をさらしていた」という類型の伝承も散見され、首級を伴う流刑譚は怪異のリアリティを補強する要素として機能していました。不倫の代償として愛する者の首とともに大海原を漂流させられるという物語は、当時の人々に強烈な倫理的ショックと哀愁を与えたと考えられます。
もう一つの決定的な謎が、船内の壁面に描かれていた「未知の異国文字」です。記録に残されたスケッチには、丸や直線、アルファベットの「L」「T」に似た記号、あるいは占星術のシンボルを思わせる四つの記号が精密に写し取られています。
長年にわたり、暗号解読者や言語学者によって「梵字」「古代文字」「ハングル」「ロシア文字（キリル文字）」、さらには「異星人の宇宙語」に至るまで多様な仮説が提示されてきました。しかし、2026年代以降の比較文化研究では、これらは「西洋文字を見たことのない当時の日本の職人や町人が、異国船に書かれていた欧文や商標（船名や所属を示すマーキング）を直感的に模写した結果、記号化されたのではないか」という見解が有力視されています。
