有事における意思決定のプロセスでは、国（内閣総理大臣）と地方自治体（都道府県知事）の間で複雑な権限分担が行われます。このパワーバランスをめぐる綱引きは、法運用の現場で常に摩擦を生んできました。
法的な発令手続きを見ると、緊急事態宣言・まん延防止等重点措置のいずれも、発動を決める権限は国（首相）にあります。しかし、現場の逼迫度を把握している都道府県知事からの「要請」を契機に政府が専門家会議（基本的対処方針分科会など）に諮問し、決定するのが通例です。
ここで大きな権限の違いが生まれます。緊急事態宣言の場合、国が指定した都道府県全域において、知事は第45条に基づき外出自粛要請や学校の休館要請、催物の開催制限、さらには特定施設への休業命令といった強力な私権制限を課すことが認められます。
一方、まん延防止等重点措置では、国が「〇〇県」と枠組みを指定したのち、具体的にどの市町村を対象エリアにするか、期間や酒類の扱いをどう設定するかは「知事の権限」に委ねられます。かつて大阪府や東京都などの大都市圏で、知事の記者会見によって対象エリアの線引きや飲食店認証制度の適用有無が次々と更新されたのは、重点措置における知事の裁量権が広範に認められていたためです。
基準面では、かつて内閣官房が定めた「感染状況のステージ分類」において、病床使用率50%以上や療養者数の急増を伴う「ステージ4」が緊急事態宣言の目安とされ、病床使用率20%以上や感染経路不明割合の上昇を伴う「ステージ3」がまん延防止等重点措置の適用目安とされました。数字上の閾値が存在したものの、最終的な判断には雇用調整助成金や事業復活支援などの国庫負担、経済指標への打撃という政治的衡量がつねに影を落としていたのが実情です。
