ぎょう虫の駆除において、もっとも基本となるのは駆虫薬の正しい服用です。医療機関を受診できない場合でも、薬局やドラッグストアで市販の駆虫薬を入手できます。
代表的な市販薬が、佐藤製薬の「パモキサンナイコ」（第2類医薬品・主成分：パモ酸ピルビニウム）です。パモ酸ピルビニウムは腸管からほとんど吸収されず、腸内のぎょう虫の神経筋を麻痺させて呼吸・代謝を奪い、便と一緒に体外へと排泄させる仕組みを持っています。
薬を使用する上で絶対に守るべき鉄則が、「初回服用から2〜3週間後にもう一度同じ量を服用する」という2回投与法です。現在存在する駆虫薬は、腸内の成虫には極めて高い駆除効果を示しますが、体外や寝具に残っていたり体内に取り込まれたばかりの「卵」殻を壊すことはできません。1回目の服用後に体内で新たに孵化した幼虫が成虫になって産卵を始める前に、2回目の薬で完全に叩く必要があります。
なお、パモキサンを服用すると、有効成分の色によって翌日以降の便が真っ赤に染まるという特徴があります。これは薬の色素がそのまま排泄されている正常な反応であり、血便ではないため慌てる必要はありません。また、5歳未満の幼児、妊婦、授乳中の方などは市販薬を自己判断で使用せず、必ず小児科や内科を受診して医師の指導を受けてください。小児科では「メベンダゾール」やシロップ剤など、年齢や体重に応じた処方薬が選択されます。
