テキストの中身を1箇所ずつ置換するのではなく、「ファイル全体の改行コードをLinux向け(LF)に統一したい」「文字化けを防ぐために文字コードを変更したい」という場合は、置換機能ではなく保存設定やステータスバーからの変換が最適です。
最も手軽な方法は、ウィンドウ右下のステータスバーに表示されている改行コード([CRLF]や[LF])の表示エリアをダブルクリックすることです。クリックするだけで改行コード変換の選択メニューが表示され、ドキュメント全体の改行コードをワンタッチで切り替えられます。
また、メニューバーの[ファイル]>[名前を付けて保存]を選択し、ダイアログ下部にある「改行コード」ドロップダウンから[CRLF][LF][CR]のいずれかを指定して保存する方法も確実です。同時に「文字コードセット」欄からUTF-8やShift-JISへの文字コード変換も行えるため、システム間連携時のデータ受け渡し前処理として重宝します。