晴れて医師国家試験に合格し、医師免許を取得した後に待っているのが2年間の初期臨床研修だ。2004年度から制度化された「スーパーローテーション制」により、内科・外科・救急・産婦人科・小児科・精神科など複数の診療科を順番に経験することが義務付けられている。この期間、研修医は正式な「勤務医」として病院に雇用され、給与が支払われる。
研修医の初任給は病院によって大きく異なる。一般的に月給20万〜40万円程度（年収換算で300万〜600万円程度）が多く、都市部の大病院（大学病院）よりも市中病院・民間病院のほうが待遇が良い傾向がある。大学病院の初期研修は教育環境が整っている一方、給与が低め（月給15万〜25万円台の場合も）なのが実態で、「バイト（アルバイト診療）禁止規定」との兼ね合いで生活が苦しいという研修医の声がTwitter Medicコミュニティに多数投稿されている。
後期研修（専攻医）以降になると診療科・病院・地域によって大きく年収が変わる。日本医師会や厚生労働省の「賃金構造基本統計調査（2024〜2025年版）」によれば、勤務医の平均年収は約1,200万〜1,500万円、開業医（診療所院長）になると平均約2,500万〜3,000万円に達するというデータもある。ただしこれは「平均」であり、診療科・地域・勤務形態によって700万円台から4,000万円超まで幅が広い。
