総武本線を語る上で外せないのが、多彩な直通列車と特急列車の存在です。総武快速線(東京方面)からの列車の多くは千葉止まりではなく、佐倉駅から成田線直通運行ルートに入り、成田空港や鹿島神宮方面へと足を伸ばします。一方、銚子方面へ向かう快速列車は朝夕の一部に限られており、日中の千葉以東は普通列車の乗り継ぎが基本となります。
東京と銚子をダイレクトに結ぶエースが、特急「しおさい」です。E259系などの快適な特急用車両で運行され、ビジネス客や観光客に重宝されています。特急しおさいの停車駅は列車によって多少異なりますが、基本パターンは東京、船橋、千葉、佐倉、八街、成東、横芝、八日市場、旭、飯岡、銚子となっており、都心の主要駅と北総エリアを最速約1時間40分台で直結しています。