大手模試（五ツ木模試、駿台模試、進ツエなど）の集計によると、同志社高校の偏差値は2026年最新データで71〜72（合格可能性80％ライン）をマークしています。この数値は、立命館高校や関西学院高等部、関西大学第一高校といった関関同立系列校の中でも頭ひとつ抜けた水準です。
難易度を押し上げている最大の要因は、高校募集枠の希少性にあります。同志社中学校からの内部進学組が学年の大半を占める中、高校からの外部募集枠は例年約90〜100名程度（推薦・一般合計）に限られています。狭き門に対して京阪神のみならず滋賀や奈良、さらには全国から優秀層が殺到するため、同志社高校の一般入試難易度は公立トップ高（堀川・嵯峨野・北野など）の受験生にとっても極めて高いハードルとなっています。
また、推薦入試の出願条件には厳格な内申点基準が設定されており、中学3年間の評定合計や各種活動実績において極めて高いレベルが求められます。推薦入試（専願）で手堅く合格を狙う層と、当日の学力検査で勝負する一般入試組の双方が高水準で拮抗しているのが特徴です。
