御朱印を受けるにあたって準備しておくべき金銭と時間帯についても、現地でのトラブルを避けるために正確な情報が必要です。現在、出雲大社御朱印初穂料（いわゆる出雲大社御朱印値段）は、1カ所につき500円を納める形が標準となっています。
かつて出雲大社では窓口に「志納（お気持ちをお納めください）」と掲示されていた時期が長く、「いくら包めば失礼にあたらないのか」と窓口で立ち往生する旅行者が目立ちました。しかし現在では、全国的な寺社の目安改定の流れを受け、初穂料500円と明確に示されているか、小銭を用意しやすいよう案内板が整備されています。お釣りを求める行為は信仰の場においてマナー違反とされるため、必ず100円玉や500円玉を事前に財布へ準備しておきましょう。
また、出雲大社御朱印受付時間は、開門時間（通常午前6時）とは異なり、午前8時30分から午後16時30分まで（時期や行事により17時まで延長される場合あり）です。「早朝の澄んだ空気の中で参拝し、そのまま御朱印をいただこうとしたら窓口が閉まっていた」という失敗例が頻発しています。朝一番で参拝を済ませた場合は、8時30分の授与窓口の開設を待つスケジュールを組み立ててください。
