デコキャラシールを長期的にコレクションし、その美しさと資産価値を維持するためには、適切な保管資材の選定が欠かせない。一般的なトレカ（約63×88mm）とはサイズ規格が異なり、デコキャラシールの寸法は約52mm×52mmという特殊なスクエア形状をしている。
このサイズに最も適しているのが、52mm〜54mm四方に対応したポケモンパンシール収納スリーブ（いわゆるスクエアシール用OPP袋）である。厚み50ミクロン前後の高透明スリーブに1枚ずつ封入することで、角折れや表面の擦り傷、大気中の湿気による台紙の反りを防ぐことができる。
さらに、ファイリングにおいては第一パンがキャンペーン等で展開する公式のポケモンパンシールホルダーを活用するのが王道だ。公式ホルダーは台紙サイズに完璧にフィットするよう設計されており、リフィル内部でのズレが発生しにくい。もし公式ホルダーが入手困難な場合は、市販の「シールコレクション用バインダー（12ポケットまたは20ポケットリフィル仕様）」を代用することで、美しく一覧性の高いアーカイブを構築することが可能だ。保管場所は直射日光を避け、温度変化の少ない冷暗所を選ぶことが劣化防止の鉄則である。
