自宅をオフィスにする選択において、最も深刻な金銭的被害を生むのが自宅兼事務所の住宅ローン控除に関する制度上の制約です。住宅ローン控除は本来「自らの居住の用に供する家屋」を対象とした減税措置であるため、事業用として使用する面積の割合に応じて以下の厳格な制限が課されます。
- 事業用割合が50％超：住宅ローン控除の適用資格を完全に喪失し、控除額は0円になります。
- 事業用割合が10％超〜50％以下：居住用部分の割合（50％〜90％）に応じた按分額のみが控除対象となります。
- 事業用割合が10％以下：全額を居住用とみなして住宅ローン控除を100％受けられます。
年間の住宅ローン控除額が20万円〜30万円ある場合、無理に経費按分割合を30%にして節税したつもりでも、住宅ローン控除の減額分と相殺されて実質的な手残りが減ってしまう事態が起こり得ます。どちらの減税効果が高いかを事前にシミュレーションすることが不可欠です。
土地や建物を所有している場合、自宅兼事務所における固定資産税の減額特例の喪失も見過ごせないリスクです。住宅用地には「小規模住宅用地の特例」により課税標準額が最大6分の1に軽減される優遇措置があります。しかし、事業用部分の割合が一定以上（併用住宅で居住部分が4分の1以上2分の1未満など構造により異なる）に達すると、住宅用地特例の対象から外れ、固定資産税や都市計画税が大幅に跳ね上がる仕組みになっています。
将来的な不動産売却時にも落とし穴があります。居住用財産を売却した際に得られる「3,000万円特別控除」は、事業用として使っていた面積部分には適用されません。目先の確定申告で数万円の経費を捻出した代償として、将来の売却時に数百万円単位の譲渡所得税が課される危険性がある点に十分留意してください。
