ストーリー面では、島を支配する悪の組織「イマジンド・オーダー（IO）」のスローン博士と、島を解放しようとする英雄集団「ザ・セブン（ファウンデーション、オリジン、イマジンド等）」による最終戦争が勃発。マップ各所が飛行船（IO飛行艇）に占拠され、レジスタンス軍が拠点を奪還していく熱いドラマが描かれました。
シーズンのフィナーレを飾ったのが、2022年6月5日（日本時間）に開催されたワンタイムイベント「コリジョン（COLLISION）」です。プレイヤーは巨大ロボット「メカ」のパイロットチームに乗り込み、迫り来るIOの軍勢をなぎ倒しながら決戦兵器「コライダー」の破壊を目指しました。スローン博士との因縁の対決、そしてゼロポイントの深淵に潜む新たな黒幕「ジェノ」の示唆など、鳥肌の立つ怒涛の演出でシーズン2は最高の結末を迎えました。
