公立中学校選びで最大の関心事となる進路実績において、港中学校は着実な結果を残しています。三重県北部の県立高校入試では、最難関とされる三重県立四日市高等学校をはじめ、四日市南高等学校、桑名高等学校、川越高等学校などの進学校へ毎年生徒を送り出しています。
また、四日市市の産業基盤を反映し、四日市工業高校や四日市商業高校、四日市四郷高校、四日市農芸高校といった実業系・総合学科への進学希望者も多く、手厚い面接指導や推薦入試対策が行われています。私立高校に関しても、海星高校、鈴鹿高校、津田学園高校など、生徒の学力や部活動の継続方針に応じた多様な進路選択が定着しています。
少人数指導の利点として、定期テスト前の補習体制や進路指導主事・担任による個別の進路相談が綿密に行われる点が挙げられます。内申点（調査書点）の算出にあたっても、教員が生徒の平常点や提出物の状況を詳細に把握しているため、目標設定がブレにくいというメリットがあります。
