教育関係者が学校の教育力を測る上で注視するのが、出口戦略としての進路状況である。最新の本所高校の進学実績を俯瞰すると、四年制大学への進学比率は約60〜70%に達し、専門学校進学が約20%、短期大学や就職が残りを占める構成となっている。
本所高校の卒業生の進路における最大のボリュームゾーンは、日本大学、東洋大学、駒澤大学、専修大学からなる「日東駒専」や、大東文化大学、東海大学、亜細亜大学、帝京大学、国士舘大学といった「大東亜帝国」グループである。上位層では成蹊大学、成城大学、明治学院大学、あるいは法政大学などのGMARCHクラスへの合格者を輩出している。
特筆すべきは、歴史ある伝統校ならではの手厚い「指定校推薦枠」の存在だ。日東駒専をはじめとする中堅私大や女子大、医療・看護系専門学校からの指定校枠が豊富に確保されており、1年次から定期考査でコツコツと評定平均（内申点）を積み上げてきた生徒が、年内に志望校の合格を確実に勝ち取る堅実なルートが確立されている。
一般入試で本所高校を受験する層が選ぶ都立本所高校の併願校（私立高校）としては、以下のような学校が代表的である。
- 関東第一高等学校：進学コースや特進コースなど、本所高校と併願する城東地区の定番校。
- 安田学園高等学校：進学コース併願で選ばれることが多く、設備と面倒見の良さで人気。
- 共栄学園高等学校：交通利便性が高く、学力帯が合致しやすい併願先。
- 修徳高等学校：文武両道の校風が共通しており、手堅い併願優遇先として選定される。
- 東洋大学京北高等学校・中央学院大学中央高等学校：付属校志向や確実な進学を狙う層の候補。
