ミキプルーンに対する不信感の最大の温床となっているのが、販売元である三基商事株式会社が採用している「代理店システム（連鎖販売取引・ネットワークビジネス形式）」です。
「宗教」と揶揄される熱狂と人間関係の軋轢
三基商事自体は宗教団体ではなく、昭和41年創業の老舗営利企業です。しかし、会員（特約店・代理店）向けに開催される料理教室やセミナー、表彰式などのイベントが熱気と結束力に満ちていることから、外部の人間には「まるで新興宗教のようだ」と映るケースが少なくありません。
さらに深刻なのは、上位ランクを目指す会員や熱心すぎる会員による親族・友人・知人への強引な勧誘トラブルです。「アトピーが治る」「不妊に効く」「薬をやめてミキプルーンを毎日1瓶食べなさい」といった、医薬品医療機器等法（薬機法）に抵触するような誇大広告トークが現場で横行した歴史があり、これが消費者に深い警戒感を植え付けました。
大量購入と在庫プレッシャーの構造
代理店資格の維持や仕入れ割引率の優遇を受けるため、過去には一部の会員が自腹で大量のセット（数十万円規模）を購入し、自宅にプルーンの山を抱え込むという経済的被害も報告されてきました。「ノルマに追われた親族から執拗に購入を迫られた」というトラウマ体験が、ネット上の「悪評」として語り継がれているのです。
