佐久一萬里温泉ホテルの最大のストロングポイントは、敷地内から湧き出る豊かな長野県佐久市の天然温泉です。泉質は肌あたりが柔らかく、湯冷めしにくい弱アルカリ性の泉質を誇ります。神経痛や筋肉痛、日々の疲労回復に効果が期待でき、湯上がりの肌がしっとりすると好評です。
大浴場には広々とした主浴槽をはじめ、露天風呂、打たせ湯、薬草風呂、洞窟風呂など多彩な湯舟が配置されており、館内にいながら湯巡り気分を楽しめるのが大きな特徴です。
また、サウナーからの注目度が高いのが充実したサウナ環境です。しっかりとした熱気を感じられる高温ドライサウナと、浅間山麓の清らかな水を感じさせるキレの良い水風呂が完備されています。広々とした浴室空間の中で温冷交代浴をじっくり楽しむことができ、サウナ愛好家からも隠れた穴場スポットとして高い支持を集めています。