立石熊野神社の起源は、今から千年以上前の長保年間（999年〜1004年）にまで遡ります。当時、紀州熊野の地に深く帰依していた陰陽師・安倍晴明が東国を行脚した際、この立石の地に立ち寄り、熊野三山の大神を勧請したことが始まりと伝えられています。
特筆すべきは、神社の境内地がおよそ三十間（約54メートル）の正五角形という特殊な縄張りで造営された点です。陰陽道の中核をなす「陰陽五行説」では、天地の万物は木・火・土・金・水の5つの要素から成り立つと考えられており、晴明はこの地を水害や悪霊の災いから守るため、五芒星に通じる五角形の結界を敷きました。神社が「五方山」という山号を冠しているのも、この五方・五行の思想を色濃く反映している証拠です。
中世には葛西城主の崇敬を集め、徳川幕府が開かれてからは徳川家光や徳川吉宗といった歴代将軍も鷹狩りの途中に立ち寄った記録が残るなど、歴史の要所で確かな信仰を集めてきました。周囲の風景が近代都市へと姿を変えた現在も、晴明が遺した五角形の区画は正確に保たれ、都内屈指の霊威を放ち続けています。
