三門（山門）をくぐると正面に立ちはだかるのが、名物の菩提梯（ぼだいてい）と呼ばれる287段の石段です。高低差約104メートル、傾斜角約37度という急勾配を誇り、登り切ることで「悟りの境地に達する」という意味が込められています。一段一段の段差が高く、体力に自信がある大人でも登り切るには息が上がります。足腰に不安がある方や車椅子利用者のために、三門脇から境内本堂前まで直通する斜行エレベーターや車道ルートが整備されているため、無理せず移動手段を選択することが可能です。
本堂の参拝を終えた後は、境内裏手から発着する身延山ロープウェイを利用して、山頂（標高1,153m）へと向かうのが王道の巡礼ルートです。山頂までは片道約7分の空中散歩で、晴れた日には富士山や南アルプス、駿河湾まで見渡せる大パノラマが広がります。
ロープウェイ料金は大人（中学生以上）往復1,600円、小人（4歳〜小学生）往復800円（※改定状況により変動あり）です。山頂に鎮座する奥之院思親閣（おくのいんししんかく）は、日蓮聖人が遠く房総半島の両親を偲び、朝夕に祈りを捧げた場所として知られ、境内には聖人手植えと伝わる4本の巨大な御神木「親思の杉」が厳かにそびえ立っています。
