親世代と新世代の血脈・師弟関係も、第二部で劇的な変容を迎えました。まず最も多くの読者が懸念しているナルトヒナタ現在状況についてですが、二人は死亡していません。カワキの能力「大黒天」によって時間が停止した異空間に転送・封印されており、肉体的な老化や衰弱を伴わずに保存されています。カワキの動機は「愛するナルトを大筒木の脅威から守るための不可逆的隔離」であり、皮肉にも歪んだ敬愛が封印という形を取っています。
一方、木ノ葉の守護神であったうちはサスケと愛娘の関係性にも過酷な試練が訪れました。うちはサラダうちはサスケ関係において特筆すべきは、サラダの涙ながらの訴えによって、サスケが記憶の違和感を抱えながらもボルトの逃亡を支援した点です。サラダは記憶改ざんの影響を受けておらず、万華鏡写輪眼を開眼して父にボルトの救済を懇願しました。その後、サスケはボルトを弟子として育て上げましたが、十尾の分裂体（爪アカ）の襲撃からボルトを庇い、神樹化（木化）して活動不能に陥っています。
また、木ノ葉隠れの里新世代一覧を俯瞰すると、複雑な認識のズレが浮き彫りになります。ミツキ大蛇丸親子関係においては、ミツキが「自分の太陽」の対象をカワキだと誤認させられており、当初はボルトへの強い殺意を抱いていました。しかし、ボルトとの直接対峙を経て自立した感情の揺らぎを見せています。奈良シカダイ、山中いのじん、秋道チョウチョウらの新・猪鹿蝶トリオも里の防衛任務に就きつつ、異変の真相に迫りつつあります。
