あつた蓬莱軒を訪れるにあたって最も注意すべき点は、通常の食事（一般席）における事前電話・WEB予約を受け付けていないという事実です。旅行情報サイトなどで「予約できる」と誤解して現地を訪れ、2〜3時間の待ち時間に直面して旅程が狂ってしまうケースは後を絶ちません。
店舗が導入しているのは、当日店頭で名前と人数を伝え、指定された時間に戻ってくる「時間指定型（整理券）システム」です。開店前の早い時間帯から受付台帳が開かれ、受付を済ませた順に「〇時〇分にお戻りください」と案内されます。店頭の行列にずっと立ち続ける必要はないものの、休日のピーク時には午前中の段階で夕方以降の案内になることも珍しくありません。
ただし、完全予約不可というわけではありません。「会席料理コース（一定金額以上）の注文かつ個室利用」に限り、平日・休日を問わず事前電話予約が可能です。鰻丼やひつまぶし単品のみの注文では個室予約ができないため、ビジネス接待や特別な記念日利用、あるいは予算に余裕があり確実に並ばず着席したい層がこの特別枠を活用しています。
