健康効果が極めて高い一方で、「納豆ヨーグルト危険性とデメリット」についても包み隠さず言及しなければなりません。すべての健康法と同じく、特定の疾患を持つ方や体質によっては、深刻な健康リスクを招く恐れがあります。
1. 抗凝固薬「ワーファリン」を服用中の方は絶対厳禁
心原性脳塞栓症や深部静脈血栓症の予防として「ワーファリン（一般名：ワルファリンカリウム）」を処方されている方は、納豆を絶対に摂取してはいけません。納豆菌は大腸内で大量のビタミンKを合成します。ビタミンKは血液凝固因子を活性化するため、ワーファリンの血液サラサラ効果を完全に打ち消してしまい、血栓症の再発という生命に関わる事態を招きます。少量のヨーグルトと混ぜたとしても、納豆菌の力は弱まらないため厳禁です（※DOACと呼ばれる新規抗凝固薬では制限されないケースもありますが、主治医への確認が不可欠です）。
2. 乳糖不耐症・過敏性腸症候群（IBS）の方の腹部膨満
ヨーグルトに含まれる乳糖を分解できない「乳糖不耐症」の方や、特定の糖質で腸が過剰反応する「過敏性腸症候群（IBS）」の方が摂取すると、かえって下痢や激しい腹痛、異常なガス発生に悩まされる危険があります。納豆の大豆オリゴ糖も高FODMAP（発酵性糖質）に分類されるため、腸内細菌叢が乱れている初期段階で大量に摂取すると、腸内で急激に水素ガスやメタンガスが発生し、お腹がパンパンに張ってしまう「菌交代現象の一時的悪化」が起こり得ます。
3. プリン体とカロリーの過剰摂取
納豆1パック（約50g）には約57mgのプリン体が含まれています。健康な人であれば問題ない数値ですが、高尿酸血症や痛風の既往がある方が1日に何パックも食べると尿酸値を押し上げる要因になります。また、ヨーグルトを加糖タイプにしてしまったり、健康に良いからと毎食どんぶり一杯食べたりすれば、当然ながら脂質・糖質の過剰摂取による体重増加を招きます。
