連作によって最も警戒すべき病害が、放線菌の一種によって引き起こされるそうか病です。表皮にカサブタ状の斑点やコルク状のくぼみが発生し、商品価値や見た目が著しく損なわれます。そうか病の主な原因は、土壌のアルカリ化（pHが高すぎる状態）と菌の蓄積にあります。ジャガイモは弱酸性の土壌（pH 5.0〜6.0程度）を好むため、石灰の撒きすぎには注意しなければなりません。
さらに、気温が上昇する初夏に一気に株がしおれて立ち枯れる青枯病や、葉や茎に暗褐色の病斑が広がり数日で全滅する疫病も連作土壌で多発します。これらは土壌伝染性の細菌やカビが原因であり、一度発生すると周囲の土壌全体に広がる厄介な性質を持っています。健全な種芋を選び、適切な土壌環境を整える予防措置が極めて重要です。
