三愛会総合病院へのアクセスは、公共交通機関(路線バス・電車)および自家用車の利用が便利です。最寄り駅となるJR武蔵野線の新三郷駅や三郷駅、さらにはつくばエクスプレスの三郷中央駅などから路線バスが運行されています。
バスを利用する場合、各駅のバスターミナルから発着する系統を確認し、「三愛会総合病院」停留所または最寄りのバス停で下車します。車で来院する場合は、病院敷地内および周辺の専用駐車場を利用できますが、外来受診が集中する平日午前中は満車になることもあるため、時間に余裕を持って移動することをおすすめします。