進学を検討する上で避けて通れないのが費用の問題です。医学アカデミー理学療法学科の学費は、昼間部と夜間部で設定が異なり、夜間部のほうがトータル費用を抑えられる傾向にあります。
初年度納入金には入学金や授業料、施設設備費、実習費が含まれますが、同校では各種教育ローンや日本学生支援機構の奨学金に加え、提携医療機関による「修学資金貸与制度（お礼奉公制度）」を利用する学生が少なくありません。この制度を活用すれば、卒業後に指定の医療機関で一定期間勤務することで返還が免除されるケースもあり、経済的負担を大幅に軽減しながら理学療法士への夢を掴むことが可能です。
