水耕栽培の成否を分ける決定的な要素が「肥料の選択」です。園芸売り場でよく見かける一般的な液体肥料をそのまま使うと、高確率で生育不良を起こします。
ハイポニカ（協和）は、水耕栽培専用として開発された2液混合型の完全無機肥料です。A液とB液に分かれており、カルシウムや微量要素が水中で沈殿・結合するのを防ぐ設計になっています。植物が直接吸収できるイオン形態で微量要素まで完璧に配合されているため、これ一本（2液希釈）で葉物から果菜類まで極めて旺盛に育ちます。水耕栽培の現場では「絶対的な業界標準」として支持されています。
一方でハイポネックス原液（青いボトル）は、主に土壌栽培向けに設計された肥料です。土壌中の微生物による分解を前提とした成分が含まれるほか、水耕栽培に必要な微量要素（特にカルシウムや鉄分）が単体では不足しがちです。もしハイポネックスブランドを使用する場合は、水耕栽培・養液栽培用として微量要素が強化された「微粉ハイポネックス」を選択するのが鉄則です。
