利便性の高さの裏返しとして長年議論されてきたのが、武蔵小杉タワマン住民を悩ませる駅混雑・通勤ラッシュの問題です。特にJR横須賀線・湘南新宿ラインの武蔵小杉駅ホームは、朝のピーク時に長い行列が発生し、改札入場規制が行われる光景が頻繁にメディアで取り上げられました。
このボトルネックに対しては、JR東日本による横須賀線下り新ホームの増設や、オフピーク通勤を促す新改札口の設置、さらには東急新横浜線の開業によるルート分散など、段階的なインフラ改良が重ねられてきました。
現在では最悪期の危険な滞留は大幅に改善されたものの、午前7時45分から8時30分にかけての東横線・目黒線・横須賀線の車内混雑率は依然として高水準です。「電車に乗ってしまえば東京駅や渋谷駅まで直通15分程度」という時間的優位性がある一方で、朝の通勤ストレスをゼロにすることは構造上難しく、混雑時間帯を避けた時差通勤やリモートワークの活用が実質的な自衛策となっています。