御朱印巡りを始める際、誰もが直面する最大の疑問が「神社とお寺で御朱印帳を分けるべきなのか」という問題です。結論から言えば、「原則として神社用とお寺用で2冊に分ける」ことが最も推奨されます。
日本には古くから神道と仏教が融合した「神仏習合」の時代があり、かつては厳密に区別されていませんでした。しかし、明治元年の神仏分離令によって神社と寺院は法制上も明確に区画されました。さらに現代の実務面においても、寺院ごとの宗派（特に日蓮宗の一部寺院など）によっては「神道の神名が書かれた帳面には揮毫できない」として、記帳を断られる事例が全国の授与所で実際に報告されています。
神社の神職や寺院の僧侶への聞き取り調査や現場の声を見ても、「1冊に混在していても拒絶まではしないが、信仰の対象が異なるため分けていただくのが本来望ましい」とする意見が大半を占めています。せっかく遠方まで参拝に赴きながら、授与窓口で記帳を辞退されて気まずい思いをしないためにも、最初の段階で神社用とお寺用を用意しておくのが賢明な選択です。
