三船美佳は1982年9月12日、三船敏郎と元女優の喜多川美佳(本名・北川美佳)の間に誕生しました。当時、三船敏郎には本妻である吉峰幸子さんがおり、美佳はいわゆる「婚外子」としてこの世に生を受けました。
幼少期は父の立場を考慮し、母の芸名と同じ「喜多川美佳」を本名として生活していました。三船敏郎は彼女を溺愛し、インターナショナルスクールへ通わせるなど惜しみない愛情を注ぎましたが、公の場では親子関係を明かせない日々が続きます。
大きな転機となったのは、1997年12月の三船敏郎の逝去です。敏郎が遺した公正証書遺言には「美佳を認知する」という明確な意思が記されていました。この死後認知によって、彼女は正式に「三船」の姓を名乗る権利を得て、戸籍上も名実ともに三船敏郎の愛娘として認められることになったのです。