インギャーマリンガーデンが宮古島に数あるビーチの中でも別格の人気を誇る最大の理由は、その特異な地形構造にあります。外洋との間に天然の岩山とリーフが防波堤のように立ちはだかっており、強い南風やうねりが入る気象条件下でも、入り江の奥はまるで湖のように波が立ちません。
「海に入りたいけれど、外洋の白波や強い引き波が怖い」というシュノーケリング初心者や小さな子ども連れにとって、足が着く浅瀬から安心して水に入ることができる環境は極めて貴重です。さらに、入り江の底部からは真水（湧き水）が湧き出しており、海水と淡水が混ざり合う汽水域に近い独特の環境が形成されています。
この地形的特徴のおかげで、入り江の内部にはソフトコーラルやハードコーラルが点在し、浅瀬にもかかわらず多種多様な熱帯魚が定住しています。海に入ってわずか数メートルの場所でも、スズメダイの群れやチョウチョウウオなどが視界一面に広がる圧倒的な魚影の濃さが、多くの旅行者を魅了し続けています。
