本作をプレイした誰もが一度は直面するのが、チャプター10前後から突如として立ち塞がる強力なボスデジモンやイーターの異常なまでの硬さです。SNSや攻略掲示板では「敵の攻撃で一撃全滅した」「与えるダメージが1桁しか通らない」といった悲鳴が絶えません。この現象が発生する理由は、開発陣が仕掛けたダメージ計算式の構造的な罠にあります。
本作の基本計算式において、ボスクラスの敵は後半になるほど防御力（DEF）や知力（INT）のステータスが極端に高く設定されています。通常攻撃や通常スキルのダメージは敵の防御・知力値をダイレクトに減算して算出されるため、一定の数値を下回る通常攻撃は完全にシャットアウトされ、カスダメージしか与えられません。これこそが、いくら通常レベルを上げてもボスに歯が立たない根本的な原因です。
この理不尽な防御インフレを唯一、力技で無力化できるシステムこそがサイバースルゥースにおける貫通攻撃のおすすめ理由です。貫通攻撃は「相手の防御力（または知力）を無視してダメージを与える」という特性を持ちます。相手がどれだけ鉄壁の防御バフを重ねていようと、数千単位の確定ダメージを叩き込めるため、高難易度ボス攻略における必須技能となっています。
また、ボス攻略の倒し方として見落とされがちなのが、相手の属性相性（3すくみ）とスロット効果の活用です。「データはワクチンに強く、ワクチンはウィルスに強く、ウィルスはデータに強い」という基本相性に属性属性（火・水・草など）の掛け合わせが発生すると、与ダメージは最大で3.0倍まで跳ね上がります。逆に相性が悪いとダメージは0.33倍に激減し、即死クラスのカウンターを受ける構造になっています。
