長年信じられてきた「口内炎＝胃腸の荒れやビタミン不足」という図式は、病態生理学の観点から見ると一面的な事実に過ぎません。番組が提示したためしてガッテン口内炎の真相において最も画期的だったのは、痛みの震源地であるアフタ性口内炎の原因と理由を、口腔内マイクロバイオーム（細菌叢）の暴走として可視化した点にあります。
口の中には、健康な成人であっても約700種類、数千億匹もの細菌が生息しています。食事中に誤って頬の内側を噛んでしまったり、硬い歯ブラシの毛先で粘膜を傷つけたりした瞬間、粘膜のバリア機能は破綻します。そのわずかな裂け目から、普段は無害な常在細菌が皮下組織へと雪崩を打って侵入するのです。
侵入した細菌を撃滅すべく、体内からは免疫の先鋒である好中球（白血球の一種）が大量に動員されます。好中球は強力な活性酸素などを放出して細菌を貪食・殺菌しますが、その激しい戦闘の巻き添えを食らい、周囲の正常な粘膜細胞まで破壊し尽くされます。この免疫反応の結果として生じる「細胞の死骸と炎症のクレーター」こそが、中央が白く窪み周囲が赤く腫れ上がるアフタの正体です。
かつてビタミンB2不足と口内炎の経緯が結び付けられたのは、ビタミンB2やB6が粘膜の再生やターンオーバーに深く関与する補酵素であるためです。欠乏すれば粘膜が脆弱になり傷つきやすくなるのは事実ですが、すでに発生して激痛を放っている炎症そのものを直接引き起こしているのは、あくまで細菌の感染とそれに対する免疫過剰応答なのです。
