保護者が最も心を砕くポイントの一つが、日々の通学環境と安全確保です。横浜市港南区特別支援学校の中核である同校は、閑静な住宅街と豊かな緑に囲まれた恵まれた立地にあります。最寄り駅であるJR根岸線「港南台駅」からは路線バスを利用し、「港南台五丁目」または「日野南小学校前」などの停留所から徒歩圏内というアクセス環境です。
自力通学が困難な児童生徒に対しては、スクールバスが運行されています。運行ルートは港南区を中心に、隣接する南区や磯子区などの通学区域をカバーするように設計されており、停留所の配置や添乗員の配置など、安全面への配慮が徹底されています。ただし、乗降場所や時刻は年度ごとの利用状況や道路状況によって見直しが行われるため、毎年の運行計画の確認が欠かせません。高等部になると、将来の単独通勤を見据えて、公共交通機関（路線バスや電車）を使った単独通学のステップアップ訓練が段階的に進められます。
また、施設面では車いす対応のエレベーターや多機能トイレ、児童生徒のクールダウンに適した小部屋、専門的な作業室などが整えられており、現代の特別支援教育に求められるハードウェア環境が高いレベルで維持されています。
