北東京主管支店で追跡が止まる真相を巡り、インターネット上では「ベース内部で荷物が紛失したのではないか」「誤配送でどこかへ消えた」という極端な憶測が書き込まれることがあります。しかし、実際のクロネコヤマト追跡調査（北東京）における実態データでは、物理的な紛失事故は極めて微小な割合に留まります。
ネット上の誤解を生む最大の盲点は、「伝票番号のバーコード破損・印字かすれ」と「複数個口の分離」です。自動仕分けソーターは高速でバーコードを読み取りますが、伝票に折れ曲がりや印字不良があると機械が認識できず、「リジェクトライン（手作業確認用レーン）」へと自動的に排出されます。
手作業レーンに回された荷物は、専任スタッフが目視で伝票番号を端末へ手入力して行き先を再登録するため、この段階で通常フローより6時間から12時間程度のタイムラグが発生します。この間、ヤマト運輸の配送状況は北東京主管支店のまま静止して見えるため、荷受人側からは「荷物が動いていない」と誤認される結果となります。
また、悪天候（台風や大雪）に伴う高速道路の通行止めや速度規制が発生した場合、トラックが途中のパーキングエリア等で待機を余儀なくされても、ステータスは「前回のスキャン地点（北東京）」から変化しません。荷物は安全にトラック内に保管されたまま輸送待機となっているのが大半のケースです。
