番組最大の目玉であるチャリティーマラソンは、公道を約100キロメートルにわたって走り続ける性質上、最も不測の事態が起きやすい企画です。過去には24時間テレビ マラソン 乱入事件として警察沙汰に発展しかけた深刻なトラブルが複数記録されています。
2007年、当時76歳でランナーを務めた萩本欽一氏の走行中には、沿道から興奮した男性がコース内へ突然割り込み、並走しながら萩本氏の身体に接触しようとする危険な妨害が発生しました。並走していた警備スタッフが即座に取り押さえたものの、一歩間違えれば大怪我につながりかねない緊迫した場面として生中継の画面越しにも緊張が走りました。さらに2012年の佐々木健介氏の走行時にも、不審者が至近距離まで詰め寄るなど、チャリティーランナー 妨害のリスクは常に現場の重圧となっていました。
近年では、迷惑系ストリーマーや一般人によるスマートフォン片手の突撃・追跡行為が激化し、警備体制は年々厳重化しています。これに伴い、ネット上で長年議論されてきたのが「ランナーのワープ疑惑」です。
「日中の酷暑の中、あのペースで走れるはずがない」「途中でロケバスに乗って移動しているのではないか」という疑惑に対し、近年はネット有志によるGPS追跡や沿道目撃情報のリアルタイム突合が行われました。その結果、判明したのは「ワープの事実はないが、休憩ポイントでの極端なペース調整が存在する」という実態です。日本テレビ制作関係者の手記や元スタッフの証言によると、番組フィナーレ（20時50分前後）に寸分違わずゴールさせるため、伴走スタッフが走行ペースや休憩時間を1分単位で厳密にコントロールしています。この不自然なペース配分が、沿道の観客に「急に進んだ」「不自然に遅くなった」という錯覚を与え、疑惑に拍車をかけた背景がありました。
