本種の主たる生息エリアは、オーストラリア北部の熱帯海域（クイーンズランド州北部、ノーザンテリトリー、西オーストラリア州北部）から、パプアニューギニア、フィリピン、タイ、ベトナムなどのインド太平洋熱帯水域にかけての浅瀬です。特に毎年10月〜翌年5月頃の雨季（スティンガー・シーズン）には、河口近くや穏やかな砂浜沿岸に成体が集まりやすく、海水浴客との接触事故が急増します。
「日本近海にも生息しているのか？」という疑問に対しては、海洋生物学的な調査により、現在のところオーストラリアウンバチクラゲそのものは日本近海に定着・生息していないことが確認されています。ただし、地球温暖化に伴う海水温の上昇によって海洋生態系の北限がシフトしており、今後の動向については研究機関による継続的なモニタリングが進められています。
一方で、日本国内（特に沖縄県や奄美諸島）には、同じ立方クラゲ目に属する近縁種の「ハブクラゲ（学名：Chironex yamaguchii）」が広く生息しています。ハブクラゲもウンバチクラゲと同属に再分類された猛毒種であり、国内で過去に複数の死亡事例を出しているため、決して警戒を怠ることはできません。
