神戸海星女子学院の真骨頂は、出口戦略とも言える圧倒的な学習指導と進学実績にあります。高校からの外部募集を行わない完全中高一貫制（小学校からの内部進学含む）でありながら、1学年およそ130名前後というコンパクトな母数から叩き出す数字は圧巻です。
例年、京都大学、大阪大学、神戸大学などの難関国立大学へコンスタントに20名前後が合格するほか、特筆すべきは神戸海星女子学院の医学部合格者数の多さです。国公立・私立大学を合わせた医学部医学科の合格者数は毎年20〜30名規模にのぼり、学年の約2割近くが医学部医学科へ進路を取る年も珍しくありません。女子校特有のきめ細やかな理数教育と、教員と生徒の距離の近さが、理系・医療系志望者の高い夢を実現させています。
一方で、カトリック系ミッションスクールならではの強みとして、神戸海星女子学院の指定校推薦枠の充実度も関西トップレベルです。上智大学、慶應義塾大学、早稲田大学、国際基督教大学（ICU）といった首都圏の最難関私大から、同志社大学、関西学院大学などの関関同立まで、学年定員を大きく上回る枠が毎年確保されています。一般入試で難関国公立・医学部を目指す生徒と、手厚い推薦枠を活かして難関私大へ進学する生徒がバランスよく共存している点が大きな特色です。
