物語前半の「出題編」では、仲間たちの不可解な言動や暗躍する謎の組織によって、読者は迷宮に誘い込まれる。しかし「解答編」（『ひぐらしのなく頃に解』）に至り、事態の真相が一気に明かされる。
惨劇を引き起こしていた真の黒幕は、診療所の看護師であり、研究機関「入江機関」の実権を握る鷹野三四だ。彼女は亡き養父・高野一二三の研究を証明し、自らが神となるべく、古手梨花を暗殺して村人全員を終末作戦（ガス無差別殺戮）で抹殺しようと企んでいた。各編で起きていた怪死事件や仲間たちの暴走は、鷹野の陰謀と、それに誘導されたキャラクターたちの不信感が複雑に絡み合った結果だったのだ。
