快適な冷房を期待するユーザーにとって、運転停止後に温風が漂ってくる現象は強いストレスとなり得ます。ネット上で内部クリーンで部屋が暑くなる理由として批判されるのは、内部の水分を急速に乾燥させるためにヒーターや微弱暖房運転を用いているからです。室温が約1〜2度上昇し、熱交換器から蒸発した湿気が室内に放出されるため、一時的に蒸し暑く感じられます。
また、「エアコン内部クリーンは意味ない」という言説が広まる最大の要因は、この機能の役割を「清掃（汚れの除去）」と誤認している点にあります。内部クリーンはあくまでカビの発生を防ぐ「乾燥・除菌予防」であり、すでに熱交換器やファンにこびりついた黒カビやホコリを物理的に除去する能力はありません。
さらに、長年放置してカビが繁殖した状態で内部クリーンを作動させると、熱風によってカビの胞子と蓄積された油汚れの臭気が部屋中に一気に飛散します。これこそが内部クリーン運転時にカビ臭い原因です。ここで不快感から運転を中断してしまうケースが見られますが、内部クリーンを途中で止めるデメリットは極めて深刻です。熱によって温められ、水分が中途半端に残った内部環境は、カビにとって最も繁殖しやすい高温多湿状態となり、結果としてカビの増殖スピードを劇的に加速させてしまいます。
