健康意識の高さゆえに「たくさん食べれば食べるほど効果が高まる」と盲信し、1日に1パック以上を毎日詰め込むような食べ方をする人がいます。しかし、そこには無視できない食べ過ぎによる副作用が潜んでいます。
第一の落とし穴は、アブラナ科植物特有の辛味成分（イソチオシアネート類）による胃腸粘膜への刺激です。胃酸過多や胃炎の傾向がある人が空腹時に生のスプラウトを大量に咀嚼して飲み込むと、胃に強い痛みを覚えたり、吐き気や下痢を引き起こしたりすることがあります。
第二の盲点は、甲状腺機能への影響です。アブラナ科野菜には微量の「ゴイトロゲン（甲状腺腫誘発物質）」が含まれており、ヨウ素の取り込みを阻害する性質があります。一般的な食事量（週に50〜100g程度）であれば成人にとって全く問題ありませんが、甲状腺疾患（橋本病や甲状腺機能低下症など）を患っている人が極端な大量摂取を長期間続けた場合、甲状腺ホルモンのバランスを崩すリスクが懸念されます。
さらに見過ごされがちなのが、家庭菜園や自己栽培における衛生管理リスクです。高温多湿の室内で発芽させるスプラウトは、サルモネラ菌や病原性大腸菌などの細菌が繁殖しやすい環境でもあります。市販の厳格な衛生管理下でパッキングされた商品とは異なり、自家製スプラウトを生食し続けた結果、食中毒を起こして体調を崩すケースも報告されています。
