草津温泉には主に6つの代表的な源泉が存在しますが、ホテル一井はその中でも性格の異なる「白旗（しらはた）源泉」と「万代鉱（まんだいこう）源泉」という2つの貴重な源泉を贅沢に引き湯しています。同じ館内にいながらにして、全く異なる2種類の本格温泉を堪能できる点は、温泉通からも高く評価されているストロングポイントです。
大浴場「御汲上の湯（内風呂）」に注がれているのは、源頼朝が発見したと伝えられる名源泉「白旗源泉」です。白濁した微黄白色の湯は、酸性・含硫黄-アルミニウム-硫酸塩・塩化物温泉（硫化水素型）の泉質を持ち、pH2.1前後の強酸性でありながら肌あたりが柔らかく、湯の花が舞う極上の風情を楽しめます。白旗源泉を引く宿は草津全体でもごく限られており、その希少性は群を抜いています。
一方、大浴場から続く庭園露天風呂に掛け流されているのは、草津温泉の中で最も湧出量が多く酸性度が高い「万代鉱源泉」です。無色透明でpH1.6前後という強力な酸性度を誇り、優れたピーリング作用と殺菌力を備えています。内風呂でじっくり体を温め、露天風呂の澄み切った強酸性湯で肌を引き締めるという贅沢な温冷・泉質交代浴が、館内だけで完結します。
