原作小説の時系列は、基本的に発表順=劇中の時間経過となっています。湯川学は帝都大学理工学部物理学科の助教授から准教授、そして教授へと昇進し、研究室の環境や立場も年相応に変化していきます。
実写映像化作品との最大の違いは「登場人物の構成」です。ドラマ版では柴咲コウ演じる内海薫や吉高由里子演じる岸谷美砂がメインバディを務めますが、原作の初期短編における湯川の相棒は一貫して大学の同期生である草薙俊平刑事です。小説版では、男同士のドライかつ深い友情や、捜査一課で出世していく草薙のリアルな刑事ドラマがより色濃く描かれています。