ネット上の掲示板やSNSでは、「メルペイ モバイルSuica 登録できない」「チャージ決済が弾かれる」といった悲鳴が定期的に散見されます。調査報道の現場で蓄積された実例を分析すると、このトラブルには明確な4大要因が存在します。
第一に、「3Dセキュア（本人認証サービス）の未完了」です。JR東日本のモバイルSuicaシステムはセキュリティ基準が極めて高く、クレジットカード登録時に3Dセキュア認証を必須としています。メルカリアプリ側で「アプリでかんたん本人確認」を完了させ、バーチャルカードの3Dセキュアパスコード設定を有効にしていないと、Suicaアプリ側のカード登録画面でエラーコードが返されます。
第二に、「メルペイ残高・ポイントの残高不足」です。メルペイスマート払い（後払い枠）を設定していない場合、Suicaにチャージしようとする金額以上のメルペイ残高（または有効なポイント）がアプリ内になければ即座に決済が否決されます。
第三に、「バーチャルカードの一時停止・利用上限設定」です。メルカリアプリ内のセキュリティ機能でバーチャルカードの利用を一時停止していたり、月間の利用上限額を極端に低く設定していたりするとチャージが通りません。
また、一度チャージした後のメルカリ Suica 残高 払い戻しに関する問題も見過ごせません。法律およびシステムの都合上、Suicaへ一度チャージしてしまった金額をメルカリの売上金残高へ直接戻すことは不可能です。どうしても現金化したい場合は、モバイルSuica自体の退会手続き（払い戻し）を行い、JR東日本から銀行口座へ手数料を差し引いた上で返金してもらう形となるため、チャージ額の決定は慎重に行う必要があります。
