免許取得時に多くの受講生が直面するのが「AT限定か、MT（マニュアル）か」という選択です。全国の指定自動車教習所の統計傾向を見ても、小型二輪の取得者の約7割以上がAT限定を選択しています。
実用性を重視し、通勤や配達業務、街乗りメインでPCXやアドレス、シグナスなどのスクーターに乗る予定であれば、AT限定で十分な恩恵を受けられます。クラッチ操作やシフトチェンジの練習が不要なため、技能教習でつまずくリスクが極めて低く、難易度も抑えられます。
一方、CT125・ハンターカブやクロスカブ110、ダックス125、モンキー125、グロムといった人気趣味車に乗りたい場合は注意が必要です。自動遠心クラッチを採用しているカブシリーズはAT限定免許でも運転可能ですが、クラッチレバー操作を伴うマニュアルスポーツ車を操りたい場合はMT免許が必須となります。将来的に普通二輪（400cc以下）へのステップアップを視野に入れている場合も、ギア操作の基本を学べるMT選択にメリットがあります。
