旅程を計画する上で把握しておくべきポイントが、館内の滞在時間と混雑のピークタイムです。現地取材と施設運用データから割り出した滞在の内訳は以下の通りです。
- 発光ショー観覧（解説・実演）：約15分
- 展示ホール（生態パネル・標本・深海映像）：約15分
- 深海不思議の海（海洋深層水・冷水タッチプール）：約10分〜15分
- ミュージアムショップ（限定グッズ・お土産）：約10分
ミュージアム単体での合計所要時間は約45分〜1時間が標準的です。後述する隣接の道の駅での食事やお土産選びを合算しても、滞在枠としては約1時間30分〜2時間を見込んでおけば余裕を持って楽しめます。
注意を要するのが、4月の週末や5月のゴールデンウィークにおける混雑状況です。発光シアターは収容人数に制限があるため、ピーク時には入場整理券が配布され、次の上映回まで40分〜1時間近く待たされる事態が発生します。混雑のピークは観光バスが集中する午前11時から午後14時にかけてです。
混雑を回避してスムーズに鑑賞するためのベストな時間帯は、朝一番の午前9時00分〜9時30分までの入館、もしくは団体客の引き上げる午後15時00分以降です。特に朝の回は、未明に獲れたばかりの最も元気なホタルイカの力強い発光が見られる確率が高く、知る人ぞ知る狙い目となっています。
