大根なますは調味液にお酢と砂糖をしっかり利かせているため、保存食としても非常に優秀です。清潔な保存容器を用いて冷蔵保存した場合、約5日〜7日間の日持ちが目安となります。
調理直後よりも、冷蔵庫で半日ほど寝かせたタイミングから大根と人参の内部まで味が馴染み、熟成された深い味わいへと変化します。保存容器は煮沸消毒またはアルコール除菌を施したガラス製やホーロー容器を使用し、取り出す際は必ず清潔な箸を使うことが長持ちさせる秘訣です。お弁当のおかずとして詰める際は、底に溜まった余分な汁気を軽く切ってから入れると他のおかずに味が移りません。