在宅で高度な医療機器を使用するにあたり、経済的負担を心配する声は少なくありません。在宅輸液費用保険適用の枠組みでは、在宅中心静脈栄養法指導管理料や在宅悪性腫瘍患者指導管理料などが算定され、輸液ポンプ本体や専用輸液セットのレンタル費用は原則として健康保険の給付対象（1割〜3割負担）となります。
一般的な自己負担額の目安として、1割負担の方であれば月額数千円〜1万円台前半、3割負担の方でも高額療養費制度を利用することで一定の自己負担限度額内に収めることが可能です。さらに、特定疾患（指定難病）や自立支援医療などの公費負担医療受給者証をお持ちの場合は、自己負担上限額がさらに軽減されます。費用面の不安については、導入前に病院の医療ソーシャルワーカー（MSW）や担当ケアマネジャーに相談し、世帯収入に応じた助成制度を整理しておくことが推奨されます。
